La direction a profité de l’occasion pour présenter les résultats de recherche et les travaux en phytoprotection de Tanya Copley, chercheuse en phytopathologie au CEROM.

Les prochaines années apporteront leurs lots de défis pour les grandes cultures, a indiqué Tanya Copley. Les projections indiquent que les changements climatiques s’accompagneront d’une augmentation de 50% des espèces pathogènes dans les 50 prochaines années. Il faut donc comprendre que si plus de rendements peuvent être attendus par l’allongement des saisons, ce contexte est également propice à l’arrivée de nouvelles maladies au Québec. « Le rallongement des cycles vitaux signifie plus de pression sur les cultures, que ce soit seulement une semaine ou un mois de plus à la saison de croissance, puisque plus de spores hibernent durant l’hiver. »

Le CEROM a dans sa mire le nématode à kyste du soya qui a fait son apparition au Québec dans les dernières années, ainsi que la tache goudronneuse du maïs signalée depuis 2020 en Ontario.

Tanya Copley estime que la maladie pourrait faire son arrivée au Québec dans la prochaine année, selon les conditions climatiques. Vous pouvez d’ailleurs consulter un épisode de Défi-Maïs consacré à la tache goudronneuse ici. Le syndrome de la mort subite du soya fait aussi l’objet d’une surveillance de la part du CEROM. Cette dernière, tout comme d’autres maladies racinaires du maïs et du soya, ne devrait pas apparaître avant cinq ans dans la province.

La chercheuse sollicite d’ailleurs la collaboration de producteurs dans leurs études afin de mieux comprendre l’évolution du nématode à kyste du soya. Ceux qui seraient intéressés sont invités à la contacter. « L’important est d’être en avance sur les maladies », a déclaré la chercheuse qui a aussi mis l’accent sur la lutte intégrée en grandes cultures. Puisque la maladie a besoin de conditions favorables, réunissant à la fois un environnement, une plante et un agent pathogène virulent, il faut agir en amont pour éviter de créer un milieu favorable.

Le CEROM a d’ailleurs élaboré des méthodes prévisionnelles au service des producteurs. C’est le cas pour la fusariose du blé. Les producteurs ont maintenant à leur disposition une carte indiquant les zones et les moments propices à la dispersion de la maladie.

Le centre de recherche a aussi mis au point un système de prédiction des cas d’apothécies pour le soya, en s’inspirant d’une méthode élaborée au Wisconsin. Après plusieurs années à peaufiner le modèle pour le Québec, ce dernier peut prévoir avec un taux d’efficacité de 75 à 86% les cas dans la province.

75 recherches en cours

Le directeur général du CEROM, Francis Girard a souligné en début d’assemblée que tout évolue rapidement aujourd’hui, que ce soit les changements climatiques ou les changements technologiques, ce qui rend la recherche au Québec encore plus pertinente et d’où l’importance de soutenir les producteurs et les chercheurs avec des recherches appropriées.

Il a ainsi été possible de savoir que 75 projets de recherche sont en cours au CEROM. Un nouvel axe de recherche autour de la régie des cultures et les plantes fourragères a par ailleurs été instauré.

Le Réseau d’avertissement phytosanitaire (RAP), qui est affilié au CEROM, a dénombré en 2022 quelque 27 ennemis des cultures dans les 760 champs surveillés. Les pathologies regroupaient surtout des maladies (24), deux mauvaises herbes et un nématode.

Le CEROM a dénombré 312 activités de diffusion, dont 261 comme auteur, coordonnateur ou animateur, ainsi que 141 avertissements via le RAP.

Pour 2023, le centre de recherche doit confirmer avec le MAPAQ les grappes agro-scientifiques ciblées pour les cinq prochaines années, des discussions sont en cours avec le gouvernement depuis 2021. Il est aussi prévu de construire le complexe serricole, un projet qui dû être revu en raison de l’explosion des coûts.

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La maladie de Johne est la plus répandue dans les troupeaux laitiers aux États-Unis, coûtant plus de 220 millions de dollars de pertes par année. Il s’agit d’une maladie contagieuse qui peut provoquer des diarrhées, une perte de poids, une mauvaise santé et parfois la mort des bovins atteints. Elle est causée par la bactérie Mycobacterium avium subsp. paratuberculose (MAP). Le vaccin vise à protéger les animaux contre cette bactérie.

Les microbiologistes Judy Stabel et John Bannantine du Service de recherche agricole (ARS) du département de l’Agriculture des États-Unis (USDA) ont utilisé une nouvelle approche pour la fabrication de ce vaccin. Les vaccins précédents ont été fabriqués à partir de cellules vivantes mais affaiblies ou mortes de MAP. Cette fois-ci, les chercheurs se sont concentrés sur quatre protéines de la bactérie qu’ils ont découvertes lors de recherches antérieures, et ils ont séquencé et caractérisé son génome.

Les essais préliminaires avec des souris ont démontré que les souris excrétaient moins de bactéries dans les fèces. Des essais subséquents avec des veaux laitiers ont démontré que les jeunes animaux étaient immunisés contre la maladie au cours d’une année de surveillance. L’administration du vaccin n’a pas non plus fait apparaître des défauts au site d’injection.

Les résultats ont été publiés dans le numéro d’avril du journal scientifique Vaccine.

Source : USDA ARS

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Pour y voir plus clair, le MAPAQ a organisé un webinaire « Maïs et soya : évaluation de la levée et diagnostic des causes de mauvaise levée ». Trois experts étaient réunis pour explorer chacun un aspect des diverses causes possibles, que ce soit au point de vue du semis, des maladies ou des ravageurs.

Un tableau présenté à la fin de la présentation résume toutefois assez bien la situation en général. Les problèmes dans les grandes cultures sont plutôt rares et de ceux-ci, peu d’entre eux sont reliés à des prédateurs. Les causes se retrouvent souvent dans la catégorie « autre », d’où la raison pour laquelle il peut être important d’investiguer pour trouver la source du problème.

Yvan Faucher, agronome et conseiller en grandes cultures et agroenvironnement au MAPAQ, a passé en revue les diverses causes pouvant être reliées au semis. Le maïs est plus sensible quant à la perte de population et les problèmes de levée que le soya qui démontre une capacité très grande à surmonter ce type de problème. Même sur ce point, M. Faucher souligne qu’une perte de population de 20% dans le maïs se traduira par seulement une perte de rendement de 3% à 4%, selon une étude menée aux États-Unis, ce qui lui fait dire que « resemer n’est pas toujours pertinent ». Il vaut mieux semer aux dates recommandées par les semenciers. L’humidité et le froid occasionnent la plupart des problèmes, soit par un sol trop humide ou des températures qui rendent la germination plus difficiles.

Sur ce dernier point, le stress peut être important si la température du sol, et donc de l’eau présente, atteint moins de 10 degré Celsius de 24 à 48 heures après le semis. Un bon lissage, que ce soit dans le maïs ou le soya, va aussi réduire certains des problèmes.

Les maladies et autres troubles physiologiques sont aussi nombreux, a indiqué Brigitte Duval, la deuxième experte invitée au webinaire. La conseillère en agroenvironnement, responsable en phytoprotection au MAPAQ, a mentionné entre autres le gel, les problèmes de résidus d’herbicides sur la surface du sol, ainsi que la rémanence d’herbicide (carryover). Dans ce dernier cas, il est relié à une utilisation précédente et inadéquate de produits dans le champ. L’abrasion par le vent peut causer des dommages aux feuilles qui vont se résorber, tout comme le syndrome du cœur jaune dans le maïs causé par une croissance trop rapide. D’autres colorations, comme le maïs mauve ou la feuille argentée, n’ont pas d’incidence sur la santé du plant. Il s’agit dans le premier cas d’une accumulation de pigment de photosynthèse pendant un épisode frais, tout comme les nuits fraîches peuvent décolorer certaines feuilles sans grande conséquence. La fonte des semis dans le maïs et certaines maladies dans le soya sont plus difficiles à diagnostiquer et il est préférable dans ce cas de demander un coup de pouce à un laboratoire pour déterminer la cause du problème.

Les ravageurs peuvent être également en cause, a mentionné la troisième experte, Geneviève Labrie, entomologiste en grandes cultures au CÉROM. Les avis et alertes sont de bons outils pour faire de la prévention, dit-elle. Il est important d’ailleurs de marcher les champs pour détecter les problèmes potentiels et de creuser pour aller voir la source.

La mouche du semis est la principale responsable des dommages dans le soya, mais cause des pertes minimes de rendement. La mouche liquéfie avec sa salive les plants qu’elle attaque, ce qui sera visible en examinant le plant qui sera creux et mou, contrairement à d’autres prédateur dont les traces de dents sont bien visibles par des sillons ou une coupe nette à la base de la tige, comme par exemple le ver gris-noir dans le maïs. Pour la céréale, les dommages sont détectables par un peuplement clairsemé et non uniforme dans le cas du ver fil-de-fer. Des prédateurs sont à surveiller : la chrysomèle du haricot arrive de plus en plus tôt, tandis que les punaises vertes et brunes sont en plus grand nombre. Il est aussi recommandé de reconnaitre l’espèce de hanneton présente dans le champ si c’est le cas puisque certaines d’entre elles restent présentes dans les champs jusqu’à trois ans, comme pour le hanneton commun.

Un document PDF portant sur la présentation sera rendu disponible sur internet.

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Qu’est-ce qu’un biofilm ?

«C’est une communauté de bactéries dans une matrice », décrit Marie Archambault, professeure en bactériologie à la Faculté de médecine vétérinaire de l’Université de Montréal. «Le biofilm est un mécanisme de survie pour les bactéries », explique Mario Jacques, professeur en microbiologie à la même Faculté. En fait, les scientifiques considèrent que 80% des bactéries de la planète résident sous forme de biofilm.

Lors de la formation d’un biofilm, les bactéries se collent sur une surface, que ce soit du matériel inerte ou vivant. Puis, les bactéries s’agglutinent ensemble et forment des petites colonies. Elles produisent une matrice qui les protège. Puis, d’autres types de bactéries peuvent s’y coller. Finalement, la matrice relâche des bactéries qui auront le potentiel de former un biofilm sur une autre surface. Pour mieux comprendre, pensez à la plaque dentaire qui se dépose sur vos dents. Il s’agit d’un biofilm.

Pourquoi doit-on se préoccuper des biofilms dans les fermes d’élevage ?

«Premièrement, parce que les biofilms renferment différents microorganismes – bactéries et algues – qui peuvent altérer la flore intestinale des animaux, en particulier les jeunes qui n’ont pas une flore bien établie », explique Daniel Venne, médecine vétérinaire au Couvoir Scott.

Deuxièmement, les bactéries présentes dans les biofilms sont plus susceptibles de développer de la résistance aux antibiotiques. En production porcine et avicole, c’est une préoccupation parce que les antibiotiques sont souvent administrés dans l’eau d’abreuvement.

«Les bactérie dans les biofilms sont 1000 fois capables de développer de la résistance aux antibiotiques comparativement aux bactéries libres, explique Daniel Venne. C’est parce que les bactéries présentes dans les biofilms sont en couches. L’antibiotique est filtré et les bactéries reçoivent des plus petites doses d’antibiotiques, ce qui les rend plus aptes à développer de la résistance. »

Troisièmement, les biofilms peuvent cacher certains pathogènes. Les tests d’eau fréquemment utilisés détectent mal les pathogènes cachés dans les biofilms. « Avec un test de base, on peut avoir des faux négatifs, explique Daniel Venne. Ce n’est pas parce que le test est négatif qu’il n’y en a pas. C’est pour ça que ça prend un deuxième test (test bactériologique BHAA). » Ce test évalue les unités formatrices de colonies.

Quatrièmement, un biofilm obstrue les conduites d’eau, ce qui peut amener des problèmes de débits d’eau et même faire fuir les pipettes. « Et donc, ça occasionne des litières humides », dit Daniel Venne.

Cinquièmement, même avec une bonne stratégie de lavage et de désinfection, s’il reste du biofilm, il restera des bactéries pouvant développer à nouveau du biofilm. Les bactéries restent donc présentes dans l’élevage.

Cet article est un court extrait d’un article plus complet sur les biofilms. Vous retrouverez l’article 7 questions sur les biofilms à la page 33 de la version papier du magazine Le Bulletin des agriculteurs du mois de novembre 2017.

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Au cours des 40 dernières années, le secteur porcin a connu plusieurs épisodes de maladies émergentes. Quatre pathogènes ont particulièrement retenu l’attention : actinobacillus pleuropneumonie (APP), le syndrome reproducteur et respiratoire porcin (SRRP), le circovirus porcin de type 2 (PCV2) et la diarrhée épidémique porcine (DEP).

Ce n’est pas fini. Il y en aura d’autres. Dans la conférence Les maladies émergentes : l’épée au-dessus de nos têtes présentée au dernier Porc Show, le vétérinaire Robert Desrosiers, au service technique chez Boehringer Ingelheim Canada, explique l’importance de regarder le passé afin de mieux élaborer une stratégie pour l’avenir.

Première constatation : les maladies importantes comme le SRRP étaient déjà présentes dans les élevages avant de devenir problématiques. Dans le cas du SRRP, il a fallu cinq ans pour identifier le virus et 20 ans pour démontrer que la transmission peut se faire de façon aérienne. Le cas du SRRP démontre toute la problématique de faire face à des maladies émergentes.

Avec les années, l’industrie porcine ne s’est pas débarrassée des maladies émergentes. Elle n’a fait qu’apprendre à vivre avec. La DEP est l’exception. Toutefois, son éradication du territoire du Québec aurait été plus difficile si la maladie avait frappé le Québec avant l’Ontario et les États-Unis. Nous avons bénéficié de leur expérience. De plus, le risque n’est pas complètement écarté.

Les futures maladies émergentes viendront de pathogènes ou d’organismes inoffensifs connus. Ils sont déjà présents en sol québécois ou non. Et leur pathogénicité pourra s’aggraver.

Que faire alors?

Voici quelques pistes proposées par Robert Desrosiers :

• commencer par l’élevage de truies;
• choisir un lieu bien situé, bien protégé;
• s’assurer d’avoir des animaux plus sains;
• sélectionner des animaux plus résistants;
• fermer son élevage;
• constituer des bandes de truies;
• avoir des sites en sevrage-finition;
• faire du tout plein – tout vide par site;
• évaluer le retour sur l’investissement d’un système de filtration de l’air;
• évaluer toute alternative pour diminer la présence de pathogènes, comme la vaccination.

Robert Desrosiers insiste sur l’importance de travailler sur la viabilité autant que sur la profitabilité des élevages.

« Le SRRP nous coûte chaque année entre 40 et 50 millions$. Même si on injecte 4 à 5 millions$ de façon collective dans la prévention, ce ne serait qu’une petite partie de ce que nous coûte la maladie », explique-t-il.

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Voici de l’information transmise par Dekalb, au sujet de l’impact des rotations sur la culture du soya.

La gestion du risque

La rotation des cultures peut aider à répartir plus uniformément la charge de travail au cours de la saison de croissance et à atténuer les risques associés aux événements météorologiques quand diverses cultures sont semées sur l’ensemble de l’exploitation agricole, chaque année.

Les rotations qui comportent du maïs, une petite céréale ou une plante fourragère peuvent aider à lutter contre le nématode à kyste du soya (NKS), les maladies et les mauvaises herbes.

Lutte contre le NKS

La rotation des cultures est surtout efficace contre des insectes qui sont peu mobiles, qui s’attaquent à un nombre restreint de cultures et qui passent l’hiver dans le sol sous la forme d’oeufs ou de larves.

Le NKS est susceptible de se multiplier rapidement au cours d’une deuxième année consécutive en soya. Une population de NKS peut être diminuée de moitié quand le soya est cultivé en rotation avec du maïs et du blé.

Lutte contre les maladies

La rotation des cultures peut être un outil efficace pour lutter contre les maladies, surtout quand l’agent pathogène n’a qu’un étroit éventail d’hôtes et qu’il hiverne dans les résidus de culture ou le sol.

Dans les champs de soya, les inoculums des agents pathogènes responsables de la moisissure blanche, du syndrome de la mort subite (SMS), du pourridié phytophthoréen et de la pourriture brune des tiges peuvent s’accumuler. Il est conseillé de tenir compte de chacune des maladies suivantes avant de modifier la rotation des cultures :

Moisissure blanche – La rotation des cultures demeure la pratique culturale la plus efficace pour combattre la moisissure blanche. Pour diminuer sa propagation, il est recommandé de pratiquer une rotation de trois à quatre ans avec des cultures non hôtes.

Syndrome de la mort subite (SMS) – Pour réduire les risques de SMS, la rotation doit être plus longue qu’une combinaison maïs-soya. Il est recommandé d’inclure une petite céréale ou une fourragère dans la rotation avec le maïs pour aider à combattre cette maladie.

Pourridié phytophthoréen – Il est possible de diminuer la quantité d’inoculum de cet agent pathogène avec une rotation qui exclut le soya. Toutefois, Phytophthora sojae survit dans le sol et les résidus sous la forme de spores à paroi épaisse appellées oospores et peut résister au gel et à de longues périodes de froid. Certaines oospores demeurent dormantes même dans des conditions très favorables, de sorte que la rotation des cultures peut ne servir qu’à éviter l’accumulation potentielle de l’agent pathogène.

Pourriture brune des tiges – La moisissure survit principalement sur les résidus de culture, et on ne connait aucune autre culture hôte pour cet agent pathogène. Au minimum deux années de rotation sans soya, avec des petites céréales, du maïs ou des fourragères, par exemple, sont recommandées pour réduire l’inoculum.

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La diarrhée épidémique porcine (DEP) a durement affecté les fermes porcines de la Montérégie en cette première semaine de janvier. Dès lundi, plusieurs cas ont été confirmés sur des sites de production: deux lundi, un mardi et un autre mercredi. En réaction, l’Équipe québécoise de santé porcine (EQSP) a, dans un communiqué, rappelé aux producteurs l’importance d’adopter des mesures de biosécurité rehaussées.

« Pour contrer la propagation de cette maladie, il est indispensable que tous les intervenants du secteur se mobilisent collectivement pour appliquer rigoureusement les mesures de biosécurité préconisées », affirme l’EQSP.

Le lavage, la désinfection et le séchage des camions lors de chaque transport des porcs vers l’abattoir ou un centre de rassemblement sont particulièrement ciblés avant le retour sur une ferme d’élevage.

La DEP est une maladie contagieuse sévère causée par un virus affectant le système digestif des porcs. Elle affecte les porcs de tous âges, mais ne se transmet pas aux autres espèces animales ou aux humains.

Pour lire toutes les nouvelles concernant les cas de DEP au Québec, suivez ce lien.

Le CDPQ offre ce mois-ci une formation sur la biosécurité dans le transport des porcs. L’information est disponible en suivant ce lien.

Lire aussi :

Nouveauté dans le nettoyage des camions

2e cas de DEP au Québec

L’hiver s’annonce difficile pour la DEP

L’article Des camions propres du Bulletin des agriculteurs de janvier 2015 présente les mesures rehaussées de lavage, désinfection et séchage des camions chez Serbo Transport.

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Il existe un moyen simple et peu coûteux de combattre les maladies qui minent les rendements et la qualité des cultures commerciales : les rotations. Si la fusariose et la sclérotiniose sont vos pires cauchemars, lisez ce qui suit!

Lors d’une journée blé organisée récemment par Élévateur Rive-Sud, la chercheuse Anne Vanasse, de l’Université Laval, a présenté les nombreux avantages des rotations qui incluent non seulement le maïs et le soya, mais aussi une petite céréale avec des engrais verts.

L’inclusion dans la rotation du blé, ou de l’orge, avec des engrais verts, a un impact direct sur les rendements des cultures des années suivantes, ainsi que sur la structure du sol. Cela contribue aussi à briser le cycle des maladies plus efficacement qu’en se limitant au maïs et au soya.

Fusariose
On connait tous la sensibilité du blé et des petites céréales à la fusariose. Le maïs peut aussi en être touché, au point de contenir des toxines provoquant un déclassement. Heureusement, les deux dernières saisons n’ont pas été propices aux infections par le fusarium.

« Il y a des années à fusariose et des années sans fusariose. On n’a pas de contrôle là-dessus », a reconnu Anne Vanasse. On peut par contre choisir des cultivars de blé qui sont moins sensibles et adopter des pratiques qui minimisent l’inoculum dans les résidus au sol.

Déjà, en cultivant du soya après le maïs et avant le blé, on réduit la présence d’inoculum dans les résidus de culture.

Une stratégie novatrice consiste à implanter du trèfle en intercalaire dans le blé. « Dans des essais à La Pocatière, nous avons vu que la culture intercalaire peut faire cran à la dispersion des spores et réduire l’incidence de la fusariose sur les épis de blé », rapporte Anne Vanasse.

Toutefois, si la culture intercalaire ne réussit pas à bien s’implanter en raison du temps sec, l’écran sera peu efficace.

Sclérotiniose
Du côté des crucifères et des oléagineux, comme le soya, les haricots, les pois, le canola et le tournesol, c’est la sclérotiniose (pourriture blanche) qui inquiète.

Un des bons moyens de combattre cette maladie, selon Anne Vanasse, est de laisser les sclérotes sans plante hôte pour les spores qu’elles produiront, en semant une petite céréale après son soya. Les sclérotes (la forme de conservation hivernale du champignon) pourront germer et produire des spores, mais elles n’auront aucune incidence sur le blé.

En cultivant en travail réduit du sol, les sclérotes se retrouveront en surface. Le microclimat d’humidité créé par du blé semé en rangs rapprochés fera germer les sclérotes, mais elles n’auront aucune culture à infecter.

« Si on complète la rotation avec un trèfle en intercalaire dans le blé, ou suivi d’engrais verts (ex. : moutarde ou radis huileux), c’est la “Cadillac” pour le maïs l’année suivante », a déclaré Anne Vanasse en allusion à la meilleure structure du sol et aux unités d’azote apportées par les engrais verts.

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Un récent document du ministère de l’Agriculture de l’Ontario fait un survol des risques associés aux rotations courtes dans le canola.

Rendements
Dans l’Ouest canadien, il a clairement été établi que les rendements de canola sont de 20 % inférieurs quand il n’y a pas de rotation. Un essai échelonné sur neuf ans a révélé que les revenus bruts de la monoculture de canola étaient de 100 à 150 $/acre de moins que dans le cas d’une culture aux quatre ans. Un intervalle de rotation d’un ou deux ans a permis d’atténuer la réduction de rendement, mais n’a pas donné d’aussi bons résultats qu’un intervalle de rotation de trois ou quatre ans.

Maladies
Les rotations courtes dans le canola engendrent des problèmes de maladies. Il est bien documenté que la sclériotiniose devient plus fréquente lorsque les rotations entre les cultures sensibles sont courtes. La hernie (Plasmodiophora brassicae), qui s’attaque aux racines, peut s’installer de façon permanente dans un champ. Il existe peu de moyens de lutte contre la hernie et les variétés de canola résistantes commencent à peine à être offertes sur le marché.

Insectes
Les altises et la cécidomyie du chou-fleur peuvent devenir de plus en plus nombreuses en raison de conditions favorisant leur propagation et leur survie hivernale. Il est clair que les niveaux de population de cécidomyie en 2012 en Ontario étaient plus élevés aux endroits où de canola semé tardivement avait été cultivé à proximité en 2011. Les populations de larves de la mouche du chou, contre lesquelles on ne dispose pas de moyens de lutte, peuvent aussi augmenter.

Mauvaises herbes
Les choix limités en matière d’herbicides signifient que les producteurs devront se montrer plus vigilants pour lutter contre les repousses spontanées de canola et les mauvaises herbes dominantes dans les cultures de rotation.

Lire le document au complet, en français

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