Les données du génome bovin disponibles gratuitement

Ottawa (Ontario), 6 octobre 2004 – Les dirigeants du Projet international de séquençage du génome bovin ont annoncé que la première ébauche de la séquence du génome bovin se trouve maintenant dans des bases de données publiques gratuites à l’intention des chercheurs biomédicaux et agricoles partout au monde.

Génome Canada, par l’entremise de Génome Colombie-Britannique, est un important partenaire de ce projet international mixte de 53 millions de dollars visant le séquençage du génome de la vache (Bos taurus). D’autres importants partenaires sont le National Human Genome Research Institute (NHGRI), qui fait partie des National Institutes of Health (NIH); l’Agricultural Research Service du ministère de l’Agriculture et le Cooperative State Research, Education, and Extension Service des Etats-Unis; l’Etat du Texas; le Commonwealth Scientific and Industrial Research Organization d’Australie; Agritech Investments Ltd., Dairy Insight, Inc. et AgResearch Ltd., tous de Nouvelle-Zélande; la Kleberg Foundation, de même que les National, Texas et South Dakota Beef Check-off Funds.

Une équipe dirigée par M. Richard Gibbs, Ph.D., du Human Genome Sequencing Center du Baylor College of Medicine, à Houston, a procédé au séquençage et à l’assemblage du génome. Une équipe canadienne dirigée par M. Marco Marra, Ph.D., au British Columbia Cancer Agency à Vancouver, a mené d’autres travaux qui visaient à détailler l’information sur certains des gènes bovins – processus appelé séquençage pleine longueur de l’ADNc.

« L’économie canadienne a récemment été très gravement atteinte – et elle l’est d’ailleurs encore – par la survenue de la maladie de la vache folle. La recherche est indispensable pour mieux comprendre cette maladie et d’autres maladies infectieuses du bétail, a expliqué M. Martin Godbout, président et directeur général de Génome Canada. Notre participation à ce projet de recherche international, et en particulier les travaux de l’équipe de M. Marra, nous aideront à résoudre les problèmes auxquels fait face cette importante industrie. Nous sommes très fiers d’être partenaire de cet important projet et très enthousiasmés par ses possibilités. »

L’assemblage initial est basé sur une couverture de 3.3 équivalents génomiques du génome bovin. Les chercheurs peuvent consulter les données de la séquence dans les bases de données publiques suivantes : GenBank (www.ncbi.nih.gov/Genbank) au National Center for Biotechnology Information (NCBI) du NIH; EMBL Bank (www.ebi.ac.uk/embl/index.html) à la Nucleotide Sequence Database de l’European Molecular Biology Laboratory; et à la banque de données d’ADN du Japon (www.ddbj.nigh.ac.jp). Les chercheurs pourront également consulter les données à l’aide du Map Viewer du NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/), du Genome Browser de l’UCSC (www.genome.ucsc.edu/) à l’Université de la Californie à Santa Cruz et de l’Ensembl Genome Browser (www.ensembl.org) au Wellcome Trust Sanger Institute de Cambridge, en Angleterre.

Les chercheurs poursuivent le séquençage et prévoient obtenir une couverture de six équivalents génomiques du génome bovin au cours du premier semestre de 2005. Ils comparent également la séquence du génome bovin à celle du génome humain et à celles d’autres organismes dont le génome a déjà été séquencé. Les résultats de ces analyses seront publiés dans des bases de données publiques au cours des mois à venir.

Le génome bovin est semblable par sa taille au génome des humains et d’autres mammifères, et il contient environ trois milliards de paires de base d’ADN. Outre aider les chercheurs médicaux à mieux comprendre le génome humain, et par conséquent élaborer de meilleures méthodes de traitement et de prévention de la maladie, la séquence du génome bovin servira d’outil aux chercheurs en agriculture qui veulent améliorer la gestion de la santé et de la maladie du bétail, et ainsi améliorer la valeur nutritive du bouf et des produits laitiers.

Le séquençage du génome bovin a commencé en décembre 2003. La race de bovins choisie pour la majeure partie de ce projet de séquençage était la vache Hereford, utilisée dans la production de bouf. On peut voir une photo à haute résolution de la vache Hereford, appelée L1 Dominette 01449, dont l’ADN a été séquencé, à l’adresse suivante : http://www.genome.gov/12512900.Des chercheurs réaliseront le séquençage à une couverture moins approfondie du génome d’autres races de bovins, dont les vaches Holstein, Angus, Jersey, Limousin, Norwegian Red et Brahman. Consultez le livre blanc qui décrit la stratégie et l’explication scientifiques du séquençage du génome bovin à l’adresse suivante : www.genome.gov/Pages/Research/Sequencing/SeqProposals/BovineSEQ.pdf.

Génome Canada est la principale source de financement et d’information liés à la génomique et à la protéomique au Canada. Jusqu’à maintenant, Génome Canada a investi plus de 385 millions de dollars à la grandeur du pays, montant qui, lorsqu’on tient compte du financement de contrepartie des autres partenaires, devrait totaliser plus de 800 millions de dollars répartis entre 79 projets de recherche novateurs et des plates-formes perfectionnées de science et de technologie.

Site(s) extérieur(s) cité(s) dans cet article :

Génome Canada
http://www.genomecanada.ca

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